病例简介
男性69岁，因咳嗽胸闷发热3天入院。患者原有高血压、糖尿病史，否认心脏病史。查体：T38度，R25次/分，P次/分，BP/92mmHg，SaO%(吸室内空气)，两肺可闻湿罗音，心率次/分，心律齐，无杂音，下肢浮肿。血常规：WBC10.25×10^9/L，N%75%，CRPmg/L，血沉39mm/h，PCT0.19μg/L；血生化：Crμmol/L，尿素8.14mmol/L，LDH正常范围，肝功能、电解质正常；血气分析：PH7.37，PaOmmHg（FiO%），PaCOmmHg；HIV（-）心电图：正常；UCG：左房增大；胸部CT见图1。图1患者入院时的胸部CT，示两肺渗出伴双侧胸腔积液。入院后予头孢西丁抗感染，予速尿利尿治疗，甲强龙40mg静脉滴注qd，无创机械通气治疗。治疗3天后患者氧合好转，体温正常，遂予气管镜检查，肺泡灌洗液（BALF）送培养及宏基因组测序(mNGS)等。BALF细菌培养（-），Xpert（-）；BALFmNGS第3天报告找到肺孢子菌，序列数（reads）。BALFmNGS检出肺孢子菌，经目前头孢类抗感染、利尿、无创机械通气等治疗已有明显好转，血气已经恢复正常，但并未针对肺孢子菌肺炎予SMZ治疗，这结果可信吗，可以诊断肺孢子菌肺炎吗？讨论
肺孢子菌肺炎（Pneumocystispneumonia，PCP）确切的全称应该是耶氏肺孢子菌肺炎（Pneumocystisjiroveciipneumonia，PJP），「卡氏肺孢子虫肺炎」是旧称，已经淘汰，错误有两处：卡氏肺孢子菌仅见于鼠类，人类感染的是耶氏肺孢子菌；
肺孢子菌属于真菌，不是原虫。
PCP是HIV/AIDS患者最常见的机会性感染，也见于非HIV的免疫缺陷患者，如淋巴瘤、实体瘤、骨骼移植后、结缔组织病及长期使用激素者。PCP的典型临床表现是发热、干咳与气急。CT典型的表现为广泛磨玻璃影（图2）。图2男性40岁，因咳嗽胸闷发热一周入院，CD4+80个/μl，HIV（+），高度怀疑PCP，医院进一步诊治。很多疾病的表现可与PCP相似，所以需要特异性的诊断，人类肺孢子菌无法体外培养与实验动物培养，确诊需要在组织或体液中发现滋养体或包囊。PCP的实验室诊断主要有3种：组织诊断：早年没有引入气管镜检查时，开胸肺活检是PCP诊断的标准手段，创伤大，技术要求高，目前极少采用；
BALF与诱导痰检查：呼吸道标本的特染或荧光染色检出肺孢子菌是诊断PCP的金标准[1]，但是实际情况是特染与荧光染色需要一定的技术要求，医院并未广泛开展；
分子生物学检查：PCR与NGS敏感性较高，但不能排除定植，目前临床尚未广泛开展。
要点1：肺孢子菌可以有定植SVidal等对80位间质性肺炎（ILD）患者的BALF进行PCR检测，发现33.8%的ILD患者肺孢子菌PCR（+），提示在肺孢子菌携带（定植）在免疫完整的ILD患者中流行率很高[2]。AlisonMorris等对COPD的肺组织进行PCR检测，结果发现GOLD1级肺孢子菌定植为0，随着GOLD分级的升高，定植率随之升高，GOLD4级（极重度）患者的肺孢子菌定植率高达36.7%，提示肺孢子菌定植与COPD患者气流阻塞的严重程度呈正相关[3]。年我国学者Dong-DongWang等对98例非HIV慢性肺病患者的气管镜吸取的痰液标本进行环介导等温扩增（LAMP）、常规PCR及Giemsa染色、甲胺银染色（以上两种为特染），结果发现LAMP的肺孢子菌检出率为63.3%，PCR的检出率22.45%，而特染全部为（-），作者的结论是：在慢性肺病患者中，肺孢子菌的定植率很高[4]。要点2：PCR或mNGSPCP阳性一定要结合临床判断PCR及mNGS属于分子特征学检测，敏感性极高，可检出极少量的病原体。中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[5]：推荐意见18:二代测序结果应在与患者临床表现及实验室检查密切结合的前提下进行解读和验证(B，III)；
推荐意见24:对于呼吸道感染，二代测序在病*及少见病原体的检测中体现出较好的检测效能;但在细菌、真菌等病原体的检测中，二代测序尚不能准确判断菌群定植或感染状态，仍需依赖临床医师结合患者病情进行进一步分析(A，II)。
检出序列数(reads)指特异且唯一比对到该病原体基因组上的序列数目，是一个以绝对值形式出现的相对值，序列数和样本量、样本中病原体的含量、核酸提取量、人源序列占比相关，在同一大类病原体(如同属于细菌大类)中，序列数越高说明该病原体存在的可信度越高。序列数需结合致病性、患者临床特征，判断该病原体致病的可能性[6]。一般序列数越高病原微生物的可能性越大(数十条特异性序列)。对于结核分枝杆菌、鼠疫耶尔森菌、布鲁菌等临床